I januar 2006 blev International Security Assistance Force (ISAF) udsendt til Afghanistan for at hjælpe det amerikanske og det britiske militær i kampen mod den islamistiske paramilitære Taliban. Den amerikanske regering beskyldte Taliban for at huske lederen af al-Qaida, Osama bin Laden, og krævede hans udlevering. Taliban-ledelsen nægtede at efterkomme dette krav og sagde, at De Forenede Stater ikke fremlagde bevis for Osamas skyld i angrebene den 11. september 2001.
Ved udgangen af 2001 blev Talibans militære struktur næsten ødelagt, og modstanden fra dens tilhængere tog form af en gerillabevægelse. Vestlige lande har investeret stærkt i udviklingen af demokrati og den sociale struktur i Afghanistan. I 2004 blev landets første præsidentvalg vundet af Hamid Karzai, en politiker, der er loyal nok mod Vesten. Imidlertid kunne Talibans tilhængers modstand ikke undertrykkes. Guerillaerne kæmpede hårdt på trods af ISAFs overvældende militære overlegenhed.
Frankrig, ligesom andre medlemmer af alliancen, led tab i udstyr og arbejdskraft. I løbet af de ti år af krigen i Afghanistan blev 83 soldater dræbt og flere gange mere såret. Beslutningen om at inddrage Frankrig i militæroperationen var ikke særlig populær blandt befolkningen, og rapporter om tab blandt franske soldater øgede utilfredshed med regeringen.
Den 20. januar 2012 skød en mand i en afghansk hæruniform i Kapisa-provinsen 4 og sårede 16 franske soldater. Derefter sagde Nicolas Sarkozy (fransk præsident fra 2007 til 2012), at da den afghanske regering ikke kan garantere de franske troppers sikkerhed, suspenderer Frankrig sin militære tilstedeværelse i det land. Sarkozy lovede at trække tropper tilbage fra Afghanistan i begyndelsen af 2014.
I 2012 blev François Hollande valgt til præsident for Frankrig, der annoncerede en ny plan om at trække sig ud af Afghanistan. 2.000 soldater vil blive trukket tilbage inden udgangen af 2012, 1.400 forbliver som instruktører og for at bevogte sociale faciliteter. Præsidenten forklarede sin beslutning ved, at faren fra terrorister er blevet mindre, demokratiet er blevet stærkere, og landet skal udvikle sig uafhængigt. Republikkens overhoved lovede, at Frankrig ville fortsætte med at støtte Afghanistan, men i en anden form.
