Den tredje film, Mænd i sort, er en efterfølger til den berømte amerikanske komedie. Med alle de samme Tommy Lee Jones og Will Smith. Instruktøren blev igen overtaget af Barry Sonnenfeld, producent bag Steven Spielberg. Filmen startede i biografer den 23. maj 2012.
Rollen som den negative helt denne gang er taget af Jemaine Clement, han spiller Boris. Dette er forbryderen, der flygtede fra Lunar-fængslet. Han brænder af had til agent Kay, som i juli 1969 fangede synderen og efterlod ham uden en arm. Da Kay pludselig finder ud af, at Boris flygtede, udtrykker han stor beklagelse over, at han ikke under hans arrestation dræbte ham. Derefter forsvinder agenten simpelthen, og kun hans partner Jay husker, at han eksisterede. Resten af personalet i sort tror, at Kay døde i en konfrontation med en kriminel i 1969.
Den eneste forklaring på en sådan vending af virkeligheden er en ændring i fortiden. Jay og Agent O beslutter, at Boris er involveret. Dette bekræftes af en anden begivenhed i kosmisk skala - invasionen af Jorden af Boris-løbet. I den tidligere virkelighed var dette umuligt, da Kay installerede en beskyttelsesanordning på planeten kaldet "ArkNet". I forbindelse med agentens død for flere årtier siden havde Jorden ikke nogen barriere fra rumfjender.
Jay opdager, at Boris blev sendt til fortiden af Jeffrey Price, en elektronikforhandler, der havde en ulovlig tidsskifter i sit arsenal. Agenten har intet andet valg end at rejse tilbage i tiden for at redde sin partner. Og han bliver straks arresteret af unge Kay. Under afhøringen fortæller Jay ham alt, og den fremtidige partner tror. Sammen finder de Arkanian Griffin, som har ArkNet. Nu fortsætter de tre med deres rejse og tager af sted for at installere beskyttelse på månen. Men på en raket arresteres de af obersten. Nu bliver han Jays hemmelige keeper.
Fra dette øjeblik udvikler begivenheder sig hurtigt. Heltene mødes med to Boris, og der opstår en kamp. En kriminel fra fremtiden kastes i raketakslen, og den unge Boris sendes efter ham. Beskyttelse for Jorden er etableret. Og nu ser det ud til, at Jay's mission er afsluttet, men en ung kriminel, der mirakuløst overlever, dukker op. Obersten dør, men Boris ødelægges også. Og nu vises en ny karakter i filmen. En dreng går ud af oberstens bil og begynder at lede efter sin far. Agenten genkender sig selv. Jay vender tilbage til sin tid og møder Kay på caféen. Alt gik tilbage.
