I middelalderen var frimurernes rækkefølge meget udbredt, den bestod af de mest avancerede sind, der førte samfundet i det 17. århundrede: Buckle, Bacon, Leibniz, Jan Comenius, personer med kongeligt blod. Murerens mål er ifølge deres udsagn at bære og bevare åndelige fordele for hele menneskeheden. I dag inkluderer denne ordre også tusinder af mennesker. Berømte frimurerhemmeligheder var kendetegnende for dette samfund.
Ændringen i frimurernes charter fandt sted i 1717, da frimureriet blev "spekulativt" (eller "filosofisk"). Alle medlemmer af broderskabet blev beordret til at skjule visse ord, tegn og håndtryk, de måtte respektere dem og afstå fra at vise dem offentligt. Over tid blev mysterium en integreret del af kulten, og på trods af offentliggørelsen af mange hemmeligheder i 1730 stoppede frimurerne ikke med at ære deres charter.
En af frimurernes største hemmeligheder var den usædvanlige og meget komplekse ceremoni at acceptere nye medlemmer i samfundet (lodge). Med bind for øjnene blev "lægmanden" bragt til et bestemt sted, hvor resten af logens medlemmer allerede var samlet. Ved at træde på de indskrevne tegn (deres betydning blev først afsløret efter tilslutning til ordren) læser han højtideligt teksten til eden. I tilfælde af forræderi eller afsløring af en hemmelighed forråder han sin sjæl til evig fordømmelse og sin krop ihjel fra brødrenes sværd. Det nye medlem tildeles et hvidt læderforklæde, et symbol på murers broderskab, mænds vanter og en sølvspatel - fra nu af kaldes han til at "bygge menneskehedens store tempel."
Ceremonien kunne være lidt anderledes for forskellige loger - hemmelige tegn, hemmelige ord, figurer blev videregivet til de modtagne medlemmer, de fik tatoveringer, hvormed andre murere kunne genkende dem. Endnu mere hemmelig og mindre kendt var indvielsesceremonien i højere grader - generelt var der 33 trin i den hierarkiske stige for frimureriet.
Princippet om frimurerordenen er baseret på hemmeligholdelse. Moderne frimureri betragter sig som stærk nok, ser derfor ikke behovet for sammensværgelse, men generel bevidsthed kan ikke dække det hemmelige arbejde, skjult frimureri. Efter at have lovet at være tavs ved ceremonien for tilslutning til lodgen, er et medlem af logen fremover forpligtet til at udføre alle ordrer fra højere medlemmer.
Den studerende har ingen idé om en vens arbejde, der til gengæld ikke ved noget om mesterens mål og arbejde. Disciplene kender kun få medlemmer af lodgen, resten er ukendte for dem. Ligeledes kender skibsføreren sin nærmeste overordnede og kender ikke resten (skønt de måske bor ved siden af ham). Et sådant hemmeligt samfundssystem fungerer på alle niveauer i hierarkiet. En ordre givet ovenfra udføres implicit og hemmeligt.
Murere, der er på de nederste trin, spiller kun rollen som eksekutorer. Hovedhemmelighederne er skjult øverst i pyramiden - kun frimurerlogens adepter og prinser kender dem. De bestemmer alene ordrenes sande mål - og styrer alle andre. Hellig viden var så omhyggeligt skjult for andre, at mange mysterier fra de sidste århundreder ikke længere er mulige at lære i dag.
