Det indre af en ortodokse kirke er normalt opdelt i tre dele: forhallen, hoveddelen og alteret. Alteret er templets helligste sted. Det er der, at miraklet ved anvendelse af brød og vin til Jesu Kristi legeme og blod finder sted.
I en ortodokse kirke er alteret adskilt fra hovedrummet for tilbedere af en mur med ikoner, kaldet ikonostasen. Selve alteret indtager et mindre område end hoveddelen af templet, hvor de troende er ved tilbedelse. Da alteret er det mest hellige sted i templet, er indgangen til det kun tilladt for præster og mennesker, der har en særlig velsignelse fra hierarkiet.
I midten af alteret er den hellige trone. Det er på det, at nadveren fejres under den guddommelige liturgi. En præst står foran alteret under gudstjenesten. På selve tronen er der alterkors, et evangelium, en antimension samt et tabernakel og en ikonlampe. Tabernaklet indeholder tørrede hellige gaver til troenes samfund derhjemme.
I den nordlige del af den ortodokse kirkes alter er der et alter. Det er på den, at præsten udfører proskomedia, forbereder brød og vin til nadverens nadver. På et bestemt tidspunkt i liturgien overføres det stadig uindviede brød og vin til tronen.
En integreret del af det ortodokse alter er den syv-grenede lysestage, der ligger bag alteret tættere på den østlige del. En lysestage med syv grene er en konstruktion af syv ikonlamper eller stearinlys. Hvis den syvgrenede lysestage er lille, kan den placeres på selve tronen. En lignende genstand var stadig i alteret i det gamle testamentes tabernakel.
Den østlige mur af alteret er dekoreret med et ikon af Kristus Frelseren. Ofte viser det hellige billede Jesu Kristi opstandelse. Denne del af alteret kaldes det høje sted. Foran ikonet for Frelseren hænger der ofte en ikonlampe, og på det højeste sted er der et sted for en præstesæde.
I den sydlige del af alteret arrangeres der ofte et sted for en røgfyr. Der kan også være en elektrisk komfur, hvor alterdrengen kan tænde kul til røgelseskarret.
Alteret kan også indeholde grave med Jesu Kristi hylster og den helligste Theotokos. Den specifikke placering af disse helligdomme er angivet af templets abbed.
Det skal bemærkes, at det indre af alteret er dekoreret med forskellige ikoner eller vægmalerier. Tegningerne af malerier og hellige billeder kan være forskellige. Nogle gange er dette begivenheder i Det Nye Testamentes historie, i andre tilfælde - de helliges, englenes eller Guds Moder ansigter.
