Herren Jesus Kristus advarede sine disciple og apostle om at de ville blive forfulgt i verden. De måtte ikke vente længe på disse begivenheder - allerede i anden halvdel af det første århundrede begyndte de romerske myndigheder aktive aktiviteter dedikeret til forfølgelse af tilhængere af den kristne tro.
Kristne begyndte at udholde forfølgelse umiddelbart efter Kristi opstigning. Disse begivenheder er beskrevet i de hellige skrifter i Det Nye Testamente. De vigtigste forfølgere var først jøderne og først derefter de romerske myndigheder.
Den første romerske kejser, der forfulgte kristne, var Nero. Han var initiativtager til afbrændingen af Rom, og skylden faldt på Kristi tilhængere. Kristne blev kaldt ikke kun frafaldne fra den hedenske religion, men også skadelige medlemmer af det romerske samfund, på grund af hvilke de forfærdelige konsekvenser af en brand, der ødelagde flere store områder af Rom, opstod. Således blev kristne betragtet som modstandere af det romerske imperiums stat og religiøse system.
Yderligere blev kristne historisk også tilskrevet andre "synder" mod samfund, hedenskab og myndighederne. Så i tilhængerne af Kristi lære så hedningerne forfærdelige kannibaler, der tilsyneladende samlede sig i huler for at drikke babyens blod. Rødderne til denne overbevisning ligger i, at kristne fra de første århundreder forstod behovet for Kristi legems og blods nadver. Desuden blev kristne bebrejdet for forskellige fordærvede orgier, uforståelige ofre som de bragte til deres Gud.
I løbet af forfølgelsen af kristne under kejseren Trajanus (98 - 117 års regeringstid) vises en ny årsag til forfølgelse. En af de mest skræmmende og uforklarlige. Den såkaldte forfølgelse af nomen ipsum, som oversættes fra latin betyder - "kun for navnet." Det var nok at kalde dig selv en kristen til at blive henrettet. Der var visse kroppe under kejseren, der søgte kristne med henblik på efterfølgende tortur.
En af hovedårsagerne til forfølgelsen er, at kristne nægter at ofre til de hedenske guder. Enhver romersk kejserforfølger havde ret til at henrette for denne "grusomhed". Det var for dette, at mange fremragende kirkeledere i de første århundreder led til og med til døden.
Forfølgelsen af kristne i det romerske imperium fortsatte i bølger, indtil kristendommen blev statsreligion under kejser Konstantin den Store (Edikt af Milano i 313 var hovedtrinnet mod den efterfølgende dannelse af kristendommen som statsreligion i Rom). Det skal dog bemærkes, at selv efter Constantine dukkede kejsere op, som kunne forfølge kristne for at nægte at vende tilbage til den hedenske religion.